以鉴定结论为准。双方并未自行审计造价时起诉并要求司法鉴定，审理中发包人提供了审计结论，此时应以法院司法鉴定结论为准。理由，工程造价鉴定是人民法院在审理建设工程施工合同纠纷案件当中，为了查明案情，明确双方责任，对工程造价这一专门性问题，依法委托具有鉴定资格的鉴定机构进行鉴定，据以确定双方权利义务关系的行为。法律依据是民事诉讼法第76条规定，鉴定意见在性质上属于民事诉讼的一种证据。虽然《审计法》和《审计实施条例》都赋予了审计机关对国家建设项目竣工决算的审计监督权，但这是审计机关对建设单位的监督，审计结论不能作为确立民事法律关系的依据，不能约束和否定平等主体之间的民事权利义务。补充问题：当事人未申请司法鉴定，经法院释明仍不申请鉴定，法院能不能主动进行司法鉴定？不可以，不申请司法鉴定是当事人对权利的处分，当事人应承担相应的法律后果。依职权启动情况：可能存在损国家利益、损社会利益、当事人串通损第三人利益、必要的共同诉讼、涉及到程序事项、涉及到身份事项认定。